一项针对肠道致病菌清除的荟萃分析从 1395 项研究中筛选出 29 项随机对照试验，涵盖 2871 名受试者，深入探究益生菌干预对肠道致病菌 “去定植”（即微生物停止在黏膜表面持续繁衍）的效果。受试者分别接受单独益生菌干预、益生菌联合传统治疗或安慰剂干预，结果证实益生菌在清除肠道致病菌方面发挥重要作用。
从整体效果看，益生菌干预组的致病菌清除率达 77%，显著高于安慰剂组的 67.2%，合并优势比为 0.59，明确显示益生菌有利于清除致病菌。亚组分析表明，这种效果在全球不同地区（北美、欧洲、亚洲等）无显著差异，具有广泛适用性。更值得关注的是，益生菌联合传统药物或抗生素干预时，致病菌清除率提升至 78.65%，而安慰剂联合常规治疗组为 72.19%，合并优势比 0.51，说明常规治疗与益生菌结合能产生更好的协同效应。
不同类型益生菌的干预效果存在差异。基于乳酸杆菌的益生菌干预（16 项研究）表现突出，干预组致病菌清除率 62%，显著高于安慰剂组的 53%，证实乳酸杆菌型益生菌在致病菌清除中的优势。基于双歧杆菌的干预（5 项研究）中，干预组 80% 的清除率与安慰剂组 78% 相比差异不显著，统计学上未能定论明显效果。此外，3 项研究证实布拉氏酵母型益生菌也有助于清除致病菌，但需注意其作为真菌可能存在的副作用及感染风险，不建议将其等同于乳酸杆菌或双歧杆菌使用。
针对特定致病菌，益生菌联合治疗展现出精准效果。在艰难梭菌清除及复发抑制方面，益生菌联合传统药物有效率达 76.9%，远超安慰剂组的 49.5%（8 项研究）；对万古霉素耐药性肠球菌，益生菌干预清除率显著高于安慰剂（4 项研究）；针对幽门螺旋杆菌，益生菌干预组清除率同样显著占优（5 项研究），且菌株选择是抑制幽门螺旋杆菌的关键因素。研究还发现，益生菌类型和致病菌类型可有效预测清除效果，但地域因素和益生菌浓度对效果无显著影响。
益生菌干预对肠道菌群整体的影响呈现复杂性，对个体肠道菌群 α 多样性的影响结果不一致，部分研究显示升高，部分则显示降低。但在菌群组成上，益生菌干预能显著降低耐药克雷伯氏菌、柠檬酸杆菌、假单胞菌和大肠杆菌等革兰氏阴性菌含量。
益生元的辅助作用也得到验证（10 项研究，含 1 项人类研究）：低聚木糖可降低产气荚膜梭菌含量；低聚果糖和低聚半乳糖有助于减少梭状芽孢杆菌；低聚果糖、甘露糖寡糖和 β 葡聚糖能降低沙门氏菌含量。
综上，益生菌干预能有效清除肠道致病菌，联合传统治疗效果更优，其中乳酸杆菌型益生菌表现最为突出。这一结论为通过调节肠道菌群抵抗感染和炎症提供了科学依据，提示合理选择益生菌菌株是发挥其健康效益的关键。
